W latach 40. i 50. XX wieku wydobywano na Baligówce torf na skalę przemysłową. Po wejściu w życie ustawy o uznaniu torfu za kopalinę którą można eksploatować tylko po uzyskaniu koncesji, przemysłowej eksploatacji zaprzestano, nadal jednak nielegalnie odbywa się w ograniczonym zakresie jego eksploatacja, zwłaszcza po północnej stronie torfowiska. Obecnie planuje się utworzenie tutaj specjalnych obszarów ochrony pod nazwą „Torfowiska Orawsko-Nowotarskie”. Mają one objąć obszar 8255,62 ha. Baligówka ma zostać objęta ochroną czynną. Planowane jest wycięcie drzew porastających torfowisko, gdyż zmieniają one warunki siedliskowe, uniemożliwiając rozwój roślin charakterystycznych dla torfowiska. Przewidziane jest także polepszenie nawodnienia przez modernizację i naprawę rowu nawadniającego oraz wykonania zastawki na rowie odwadniającym.