Zadania Komisji, rozszerzone o badanie terroru komunistycznego, przejął w 1998 r. pion śledczy Instytutu Pamięci Narodowej. Do archiwum IPN przekazano także jej dokumentację, w tym zeznania świadków. Na podstawie umowy z 11 lutego 2016 r. IPN rozpoczął przekazywanie ich cyfrowych kopii w celu udostępnienia w internecie. 4 sierpnia 2016 r. odbyła się premiera portalu internetowego „Zapisy Terroru”, którego baza zawierała początkowo ponad 500 zeznań złożonych przed Komisją.
25 stycznia 2017 r. Ośrodek Badań nad Totalitaryzmami podpisał porozumienie z Instytutem Hoovera, w wyniku którego „Zapisy Terroru” zostaną uzupełnione o świadectwa dotyczące zbrodni komunistycznych pochodzące z archiwum armii gen. Andersa. Dokumenty zawierające relacje Polaków – żołnierzy i cywilów, którzy opuścili Związek Radziecki wraz z polską armią – po II wojnie światowej przekazano do Instytutu Hoovera, gdyż obawiano się ich przechwycenia przez władze komunistyczne.