W rozmowach z bohaterami niezależnymi gracz posługuje się tzw. kołem dialogowym, na którym zamieszczone są skrócone wersje odpowiedzi, rozwijane po wybraniu konkretnej opcji. W zależności od dokonywanych wyborów, postać otrzymuje punkty idealisty lub renegata, które w drugiej i trzeciej części mogą wpływać na jej wygląd. Im więcej punktów renegata zdobędzie Shepard, tym gorzej będą się goiły rany na jego twarzy, a jego oczy zmienią kolor na czerwony, o ile nie zdecyduje się on na chirurgiczne poprawki.
Poza główną trylogią, Shepard zostaje wspomniany w powieściach Mass Effect: Podniesienie, Odwet i Deception. Pojawia się również w trzecim numerze komiksu Homeworld, ujęcie przedstawia jednak jedynie fragment jego pancerza z logo N7. Komiks Odkupienie, rozgrywający się pomiędzy prologiem a główną częścią Mass Effect 2, koncentruje się na odzyskaniu ciała zmarłego Sheparda i przekazaniu go Cerberusowi w celu przywrócenia go do życia. Według zapowiedzi, Shepard nie pojawi się w żadnej kolejnej odsłonie Mass Effect, ponieważ poświęcona mu trylogia została definitywnie zakończona.