Badania hydrobiologiczne prowadzone pod kierunkiem prof. Piechockiego dotyczyły głównie środowisk rzecznych. Obejmowały one m.in. dorzecza Pilicy, Grabi i Rawki, cieki Gór Świętokrzyskich, Roztocza i Kampinoskiego Parku Narodowego oraz rzeki i jeziora Borów Tucholskich. W latach 1992–2000 badania prowadzono we współpracy z hydrobiologami holenderskimi z Institute for Forestry and Nature Research (Alterra), Wageningen. Efektem ich było m.in. odkrycie nowych dla nauki i nowych dla Polski gatunków muchówek, poznanie składu gatunkowego, liczebności i ekologii wielu grup bezkręgowców zasiedlających rzeki, potoki i zbiorniki teras zalewowych, m.in. Hirudinea, Oligochaeta, Cladocera, Gastropoda, Bivalvia, Plecoptera, Odonata, Diptera, Ephemeroptera, Heteroptera. Badania te znacznie przyczyniły się do wzbogacenia wiedzy o rozmieszczeniu fauny bezkręgowców w Polsce. Na terenie Łodzi, Gór Świętokrzyskich i Roztocza prof. Piechocki prowadził badania nad występowaniem ślimaków lądowych. Interesujące efekty jego pracy zawiera monografia poświęcona współczesnym i subfosylnym mięczakom Gór Świętokrzyskich, będąca rozprawą habilitacyjną autora.
Dorobek naukowy Dorobek Andrzeja Piechockiego (lata 1955–2016) obejmuje ponad 150 pozycji. Najważniejsze z nich stanowią: