Siedziba archiwum zmieniała się wielokrotnie. Od początków XIX wieku do 1846 roku znajdowało się w kamienicy przy kolegiacie pw. św. Michała Archanioła na Starym Mieście. Następnie archiwum mieściło się przy ul. Podwale, a od 1856 roku w pomieszczeniach przy konsystorzu biskupim, przy ul. Zamojskiej. W 1867 roku władze carskie, w ramach represji po powstaniu styczniowym zlikwidowały diecezję podlaską, a archiwalia konsystorza podlaskiego zostały przewiezione do Lublina. 24 września 1918 roku utworzono diecezję siedlecką, a archiwalia z tamtych terenów zwrócono do nowej diecezji w Siedlcach. Na początku II wojny światowej doszło do zniszczenia części archiwaliów przez żołnierzy niemieckich. W 1940 roku na polecenie kierownika Urzędu Archiwalnego przy gubernatorze dystryktu lubelskiego, część akt umieszczono w Archiwum Państwowym w Lublinie, a pozostałe w pomieszczeniach przy kościele Wniebowzięcia NMP Zwycięskiej w Lublinie. W 1944 roku najcenniejsze archiwalia z powodu zbliżającego się frontu ewakuowano do Krakowa, skąd rewindykowano je z powrotem do Lublina w 1946 roku, a pozostałe akta także powróciły do archiwum.