W kolejnych latach kontynuował karierę w siłach zbrojnych, zostając dowódcą batalionu piechoty powietrznodesantowej, a w 1995 objął funkcję dowódcy generalnego sił specjalnych (Kopassus).
W 1998 roku Subianto został mianowany szefem liczącego 27 000 żołnierzy Dowództwa Rezerwy Strategicznej Armii Indonezji. Krwawe stłumienie protestów studenckich w Dżakarcie w maju 1998 roku, w których zginęło czterech studentów, a dziesiątki innych zostało rannych oraz oskarżenia o inspirowanie zamieszek, mających na celu obalenie prezydenta Suharto, doprowadziły do zwolnienia Subianto z sił zbrojnych. Kolejne lata spędził na wygnaniu w Jordanii. Rozpoczął działalność gospodarczą w branży papierniczej i naftowej, został także właścicielem kilku plantacji we Wschodnim Kalimantanie na Borneo. W 2008 założył partię Gerindra (Partai Gerakan Indonesia Raya), której od 2014 przewodniczy. W 2009 bezskutecznie wystartował w wyborach prezydenckich jako kandydat na wiceprezydenta, zastępcę Megawati Sukarnoputri.
W 2014 roku startował w wyborach prezydenckich, w których uzyskał 46,85% ważnie oddanych głosów, przegrywając tym samym z kandydatem PDI-P – Joko Widodo. Wystartował również w wyborach prezydenckich w 2019, ponownie przegrywając z Widodo.