Archiwum w Szczecinie formalnie utworzono w 1831 roku, z siedzibą w byłym zamku książęcym (Zamek Książąt Pomorskich). Do zasobu przejęto wówczas akta rejencji, sądów, różnych fundacji i archiwalia kościelne.
W 1900 roku pruskie władze centralne sfinansowały budowę nowego gmachu, w którym do dzisiaj archiwum ma swoją siedzibę. Własna siedziba umożliwiła archiwistom szczecińskim prowadzenie w szerszym zakresie niż dotychczas prac archiwalnych. Zaowocowało to m.in. przejęciem dużej ilości akt historycznych z terenu Pomorza.
Następstwem drugiej wojny światowej było znaczne rozproszenie zasobu. W 1942 roku w obawie przed skutkami nalotów bombowych, rozpoczęto ewakuację archiwaliów do wybranych miejscowości na terenie Pomorza. W konsekwencji z magazynów archiwalnych wywieziono ok. 80% zasobu.
Polska służba archiwalna rozpoczęła oficjalną działalność w Szczecinie 1 sierpnia 1945 roku. Pierwszym polskim kierownikiem został Bolesław Tuhan-Taurogiński, który podjął się gromadzenia rozproszonego zasobu. Rozpoczął się proces tworzenia archiwum w oparciu o dawne zbiory szczecińskiego Staatsarchiv.