W czasie II wojny światowej szkoła morska, pod nazwą Państwowa Szkoła Morska w Gdyni działała w Southampton, a później w Londynie, podlegając Ministerstwu Przemysłu i Handlu rządu emigracyjnego.
Państwową Szkołę Morską w Gdyni reaktywowano po wojnie, ale w roku 1947 Wydział Nawigacyjny przeniesiono do nowo utworzonej Państwowej Szkoły Morskiej w Szczecinie. W 1953 w Państwowej Szkole Morskiej w Gdyni odtworzono Wydział Nawigacyjny.
W 1969 Państwowa Szkoła Morska została przekształcona w Wyższą Szkołę Morską. Od tego czasu absolwenci Wydziału Nawigacyjnego uzyskiwali tytuł inżyniera nawigatora morskiego. W 1975 rozpoczęto pięcioletnie studia magisterskie. W tym samym roku uruchomiono studia zaoczne. W 1984 otwarto inżynierskie studia wieczorowe w specjalności eksploatacja portów.
Struktura wydziału zmieniała się przez lata. W latach 90. XX wieku Wydział Nawigacyjny liczył 8 katedr, a w roku 2006 zreorganizowano je, tworząc pięć katedr.