Od 6 lipca 1907 jego żoną była Aleksandra (ur. 1884, nauczycielka szkolna w Sanoku, córka sanockiego rzemieślnika Aleksandra Piecha, siostra Kazimierza i Tadeusza, także należąca do sanockiego „Sokoła”), a świadkami na ich ślubie byli Antoni Stupnicki i Władysław Prus Ossowski. Mieli synów Zbigniewa Stanisława (ur. 1908-1944, urzędnik skarbowy) i Adama Mariana (ur. 1910, profesor gimnazjalny)Obaj synowie Maria Szajny zostali absolwentami Państwowego Gimnazjum im. Królowej Zofii w Sanoku, Zbigniew w 1926, a Adam w 1929. Por. . Wraz z rodziną zamieszkiwał w Sanoku przy ulicy Grunwaldzkiej pod numerem konskrypcyjnym 235a.
thumb|240px|Tablica upamiętniająca działaczy sokolich w Sanoku Marian Szajna zmarł 8 stycznia 1936. Po uroczystym pogrzebie został pochowany w grobowcu rodzinnym Piechów na cmentarzu przy ul. Rymanowskiej w Sanoku.
Upamiętnienie Osoba Mariana Szajny, jeszcze za jego życia, została upamiętniona na tablicy ustanowionej przez Komitet Obywatelski i odsłoniętej 1 listopada 1928 na frontowej elewacji gmachu „Sokoła” w Sanoku, dla upamiętnienia 10. rocznicy odzyskania niepodległości i wymarszu pierwszych polskich patroli z sanockiego Sokoła w dniu 1 listopada 1918.