Za jeden z głównych powodów powstania madrasy uważa się chęć kalifa Abbasydów do rozpowszechnienia prawoznawstwa szafickiego, co wynikało z pragnienia stworzenia szkoły konkurencyjnej dla szkoły Kadirija związanej z szejkiem Abdulem al-Kadirem al-Dżilani, który nauczał dominującego w Bagdadzie prawoznawstwa hanbalickiego.
Madrasa Al-Mustansirija jest pierwszą instytucją edukacyjną w starożytnym świecie, która została precyzyjnie zorganizowana, miała obszerny program studiów i przystosowywała się do podstawowych potrzeb społeczeństwa. Cechami wyróżniającymi szkołę była możliwość studiowania nauk religijnych na równi ze świeckimi, co wcześniej nie było praktykowane w innych placówkach edukacyjnych. Okres studiów wynosił dziesięć lat i obejmował kilka przedmiotów: Dar al-Qur’an (poświęcony studiowaniu i recytacji Koranu), Dar al-Hadis (poświęcony studiowaniu Sunny), orzecznictwo, doktryna, gramatyka, filozofia, matematyka, farmacja, medycyna, nauka o zdrowiu i wiele innych.