Tym samym został drugą osobą w hierarchii niemieckiego aparatu okupacyjnego w Polsce (po generalnym gubernatorze Hansie Franku). Był współodpowiedzialny za wszystkie zbrodnie na ludności polskiej i żydowskiej, które jednostki SS i policji popełniły na podległym mu obszarze.
Pod koniec 1942 roku dowództwo Armii Krajowej podjęło decyzję o likwidacji Krügera. Zadanie przeprowadzenia zamachu powierzono Organizacji Specjalnych Akcji Bojowych („Osa”-„Kosa 30”), tj. głęboko zakonspirowanemu oddziałowi dyspozycyjnemu Komendanta Głównego AK, do którego zadań należała m.in. likwidacja wysokich rangą dygnitarzy niemieckich i szczególnie okrutnych przedstawicieli aparatu okupacyjnego. Siedzibą Krügera był Kraków, stąd tamtejszy zespół bojowy „Osy”-„Kosy 30” był odpowiedzialny za przygotowanie i przeprowadzenie akcji.
Przygotowania thumb|Edward Madej ps. „Felek”, dowódca krakowskiego ośrodka „Osy”-„Kosy 30”, dowódca akcji Początkowo polski wywiad miał duże trudności z ustaleniem miejsca pracy i zamieszkania Krügera. Ten stan rzeczy uległ zmianie, gdy na początku 1943 roku do Krakowa przybył szef komórki wywiadowczej „Osy”-„Kosy 30”, ppor. Aleksander Kunicki ps. „Rayski”.