W związku z rozpoczęciem wojny w 1941 roku kolekcję muzeum zamierzano ewakuować na wschód, jednak plan ten nie powiódł się. Zdobyta przez Niemców kolekcja stała się przedmiotem rywalizacji pomiędzy Hansem Possem – dyrektorem Gemäldegalerie i pełnomocnikiem do spraw stworzenia prywatnego muzeum Hitlera, Kajetanem Mühlmannem – specjalnym komisarzem ds. rejestracji zabytków na terenach wschodnich, oraz Heinrichem Himmlerem – kierownikiem Ahnenerbe. Najcenniejsze zabytki sztuki użytkowej i malarstwa zostały wywiezione do Königsbergu i w głąb Rzeszy. Losy większości pozostałych eksponatów pozostają nieznane. Część przekazano powstałym w Mińsku niemieckim organizacjom. Płótna z XVIII–XIX wieku, wazy, wyroby z marmuru, zegarki itd. zostały przekazane przez Schutzstaffel Wehrmachtowi – o czym gauleiter Okręgu Generalnego „Białoruś” Wilhelm Kube zawiadomił Alfreda Rosenberga. Według spisu sporządzonego z pamięci w 1944 roku przez pracowników przedwojennego muzeum, w trakcie okupacji Niemcy wywieźli: