Flora Rezerwat obejmuje zarówno szczytowe, skaliste partie Kľaku, rozwinięte poniżej nich rumowiska skalne, jak i znaczne fragmenty stoków masywu. Dolną część obszaru rezerwatu, sięgającą aż po widoczny w dole kocioł źródliskowy Rajčianki, porastają żyzne buczyny z domieszką jawora i wiązu górskiego (brzostu). Towarzyszą im pojedyncze świerki, sporadycznie pojawia się jodła. Na stromych, osuwających się stokach buki i jawory tworzą charakterystyczne formy o szablasto wygiętych pniach. W partiach przygrzbietowych i podszczytowych buki karłowacieją, mają powykrzywiane pnie, często przybieraja formy wielopienne i krzaczaste. Na piargach pod urwistymi skałami rosną z reguły tylko jawory, rzadko spotkamy fragmenty lipowo-jaworowego lasu rumowiskowego.
Pod sam szczyt podchodzą kępy karłowatej buczyny, nie przekraczającej 1,5 m wysokości oraz równie karłowatej wierzby iwy i jarzębiny. Nieliczne świerki mają przysadziste sylwetki i formy bardziej lub mniej sztandarowe. Wśród świerków rosną krzewy wawrzynka wilczełyko. Pomiędzy nimi rozrastają się krzewy sztucznie wprowadzonej tu kosodrzewiny, postrzeganej obecnie jako gatunek inwazyjny. Na wierzchołkowym spiętrzeniu rosną kostrzewa pstra, pępawa Jacquina, bartsja alpejska, świetlik łąkowy i in.