Odcinek Podg Podłęże R401 – Szczyrzyc będzie dwutorowy, a odcinki Szczyrzyc – Tymbark i Szczyrzyc – Fornale (linia kolejowa nr 623) będą jednotorowe. Linie mają być dostosowane do ruchu z prędkością 160 km/h. W ramach modernizacji odcinka Chabówka – Nowy Sącz zaplanowano przebudowę 74,5 km linii, w tym budowę estakady o długości ok. 1,1 km i dwóch tuneli o łącznej długości ok. 5,8 km z dostosowaniem linii do ruchu z prędkością 120 km/h (z lokalnymi ograniczeniami prędkości do 60 km/h).
Wybrany wariant wstępnie zakłada lokalizację nowych peronów w miejscowościach Balachówka, Zagórze, Wiatowice, Gdów, Zagórzany oraz Szczyrzyc.
Historia Plany budowy nowej linii umożliwiającej sprawniejszy dojazd do Zakopanego pojawiły się wkrótce po wybudowaniu istniejącej linii do tego miasta, a powodem był jej przebieg, który uniemożliwiał osiąganie odpowiednio dużych prędkości; wybuch I wojny światowej przerwał realizację projektu. W latach 30. XX wieku powstała koncepcja budowy linii przez Myślenice, która miała skrócić czas przejazdu z Krakowa do Zakopanego do 90 minut. Do projektu połączenia Kraków – Tymbark powrócono w 1996 roku. Przygotowanie projektu sfinansował rząd włoski, a prace zakończono w 1998 roku.