II okres przejściowy i ramessydzki Podczas Drugiego Okresu Przejściowego częścią Egiptu rządziła ze swojej stolicy w Delcie – Awaris, grupa azjatyckich Hyksosów. Wybrali oni Seta (władcę Delty i opiekuna cudzoziemców) na główne bóstwo i swojego patrona. Set po raz kolejny stał się naczelnym bogiem. Kult Seta w wykonaniu jednego z hyksoskich władców, Apofisa, przybrał formę monolatrii (nie czcił on żadnego boga poza Setem, którego wybrał na swojego Pana). Gdy Ahmose I pokonał Hyksosów i wypędził ich z Egiptu, stosunek Egipcjan do Azjatów stał się wrogi, co wyrażało się w oficjalnej propagandzie dyskredytacją okresu panowania Hyksosów. Mimo tego kult Seta nadal kwitnął w Awaris. Część członków egipskiego garnizonu stacjonującego w Awaris weszło nawet w skład kolegium kapłańskiego Seta.
Założyciel XIX dynastii, Ramzes I, pochodził z silnie powiązanej z kultem Seta, wojskowej rodziny z Awaris. Część władców z tej dynastii nosiła teoforyczne imiona odnoszące się do Seta, jak: Seti I („Człowiek Seta”), Setnacht („Set jest potężny”). Set był patronem jednego z garnizonów wojskowych Ramzesa II. Sam Ramzes II wzniósł w Pi-Ramzes tzw. Stelę Czterechsetlecia, upamiętniającą 400 rocznicę kultu Seta w Delcie. W okresie Nowego Państwa Set był także wiązany z obcymi bóstwami.