Został jednakże wkrótce zwolniony, po czym kontynuował naukę w Judicial Research and Training Institute oraz zdał egzamin prawniczy. Z powodów politycznych nie został jednak przyjęty na aplikację sędziowską.
W 1982 roku powrócił do rodzinnego Pusan, gdzie poznał przyszłego prezydenta Roh Moo-hyuna i wspólnie z nim prowadził kancelarię prawniczą, specjalizującą się w sprawach z zakresu prawa pracy oraz ochrony praw człowieka. W czerwcu 1987 roku, wspólnie z Roh Moo-hyunem, zaangażował się w protesty domagające się procesu demokratyzacji kraju. Był jednym z przywódców oddziału National Movement for Achieving Democratic Constitution w Pusan. W wyniku protestów, w 1988 roku w Korei Południowej odbyły się demokratyczne wybory, w których Roh Moo-hyun uzyskał mandat parlamentarny. Mun Jae-in powrócił natomiast do zawodu prawnika.
W działalność polityczną zaangażował się w 2002 roku, kiedy wszedł w skład komitetu wyborczego Roh Moo-hyuna przed wyborami prezydenckimi w grudniu 2002 roku. Po jego wygranej i objęciu urzędu prezydenta w lutym 2003 roku, rozpoczął pracę w jego kancelarii, jako sekretarz stanu ds. cywilnych. W marcu 2007 roku objął natomiast stanowisko szefa kancelarii prezydenta, które zajmował do końca jego prezydentury w lutym 2008 roku.