W tym samym roku służby Autonomii Palestyńskiej aresztowały kilkunastu działaczy formacji i nakazały wstrzymanie wydawania pisma PID „al-Istiqlal”.
Od 2000 roku członkowie PID (indywidualnie) przynależą do Ludowych Komitetów Oporu i Brygad Salah al-Din.
W 2000 trakcie intifady Al-Aksa jego aktywiści weszli do sojuszu z Palestyńskimi Siłami Narodowymi i Islamskimi. W trakcie powstania organizacja przeprowadziła serię zamachów terrorystycznych, których duża część wymierzona była w izraelskich cywilów.
Jego działacze wystartowali w wyborach lokalnych w Autonomii Palestyńskiej w 2005 roku. Kilku z nich zostało wybranych do rad miejskich w miejscowościach w Strefie Gazy.
Zbojkotował wybory parlamentarne w Autonomii Palestyńskiej w 2006 roku.
W latach 2008–2009 w trakcie operacji Płynny Ołów uczestniczył w walkach z izraelską armią w Strefie Gazy.
W listopadzie 2012 roku bojownicy PID ponownie starli się z izraelską armią w Strefie Gazy, tym razem w ramach operacji Filar Obronny.
Latem 2014 roku organizacja wzięła udział w walkach z izraelskim wojskiem w Strefie Gazy w trakcie operacji Ochronny Brzeg.
Wybrane ataki terrorystyczne przeprowadzone przez grupę 16 października 1986 roku dwóch terrorystów obrzuciło granatami ręcznymi kadetów izraelskiej armii w Jerozolimie.