Filon był twórcą nowej, filozoficzno-judaistycznej koncepcji Boga, jako pierwszy sformułował tezę, że zadaniem filozofii jest poznanie Boga. Wcześniej rozważania filozoficzne wychodziły od świata i potem ewentualnie docierały do Boga. Konsekwencją tego jest dualizm świata i Boga. Według Filona Bóg jest jeden, nie ma postaci złożonej – jest bytem jednolitym, niezłożonym (zob. Deus omnia simplex). Jest niezmienny, wieczny, czyli nieograniczony, transcendentny ontologicznie (istniejący ponad światem) i epistemologicznie (niedający się poznać ludzkim zmysłom i rozumowi), istniejący sam z siebie. Bóg jednocześnie jest osobą dobrą, wszechpotężną i wszechwiedzącą. Platońskie idee są Jego myślami i siłami. Najpotężniejszą z tych idei-sił jest Logos – pośrednik między Bogiem a światem oraz anioł i syn Boży. To za ich pośrednictwem następuje oddziaływanie na świat materii odwiecznej, będącej jednocześnie nosicielem nicości i zła. Materia jest bierna, złożona, wtórna i zmienna.