Dzieła Flawiusza (Iudaike archaiologia – Dawne dzieje Izraela, znane też pod tytułem Starożytności żydowskie – Antiquitates Iudaicae)U Focjusza występuje także tytuł w wersji: Doświadczenia Żydów (Biblioteka, Kodeks 47). (Peri tu Iudaiku polemu – Wojna żydowska) (Pros Apiona – Przeciw Apionowi) (Bios – Autobiografia) O wszechświecie (inne tytuły: O przyczynie wszechświata, O istocie wszechrzeczy) – autorstwo wątpliwe. Focjusz omawiający ten traktat jako napisany przez Józefa, informuje, że z marginesowych zapisków wynika, iż autorem jest Gajusz, kapłan z Rzymu (II/III w.)Biblioteka, Kodeks 48Tadeusz Sinko, Zarys historii literatury greckiej. T. II. Warszawa: PWN, 1959, s. 460.
Wkład Flawiusza w rozwój religii Józef Flawiusz jako jeden z pierwszych dokonał podziału 22 poleceń relacji Mojżesza na dziesięć przykazań, tworząc pierwszą wersję Dekalogu: „Pierwsze słowo poucza nas, że Bóg jest jeden i że tylko Jemu należy oddawać cześć. Drugie zabrania nam czynić wizerunków jakichkolwiek żywych stworzeń dla oddawania im czci.