Gmach biblioteki w czasie wojny nie został spalony i ocalał jej księgozbiór. W dniu wyzwolenia Warszawy Andrzej Grodek jako pierwszy był już na zdewastowanym terenie uczelni i z gronem kilku współpracowników rozpoczął prace nad zabezpieczeniem księgozbioru, gmachów i mienia uczelni. W latach 1945–1947 pełnił funkcję dyrektora biblioteki i zarazem prorektora SGH, a na lata 1947/1948 i 1948/1949 został wybrany rektorem tej uczelni. Jednocześnie w 1945 roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Po upaństwowieniu uczelni i przemianowaniu jej na Szkołę Główną Planowania i Statystyki został usunięty ze stanowiska rektora – zastąpił go Czesław Nowiński.
Po odsunięciu od zarządzania uczelnią skupił się na własnej pracy naukowej, zarządzaniu biblioteką i pracą w Katedrze Historii Gospodarczej. Jego sytuacja zmieniła się w 1952 roku, gdy nowym rektorem uczelni został Oskar Lange, ekonomista i działacz państwowy mało zainteresowany codziennym funkcjonowaniem SGPiS, który wybrał Grodka na stanowisko prorektora ds. nauki i to jemu delegował wiele z najważniejszych decyzji. Ostatecznie w 1956 roku ponownie wybrany został na stanowisko rektora uczelni.