W 1242 roku Elbląg był jednym z nielicznych miejsc, które oparły się atakom Prusów w trakcie I powstania pruskiego i najazdowi księcia gdańskiego Świętopełka II, co oznacza, że już wtedy miejsce to musiało być ufortyfikowane. Osada ta już pod panowaniem zakonu krzyżackiego, bardzo szybko, bo już w 1246 roku, uzyskała przywilej miejski na ograniczonym na rzecz Krzyżaków prawie lubeckim, a także znacznie większe przywileje niż sąsiednie miasta lokowane na prawie chełmińskim. Miasto otrzymało też ogromne dobra ziemskie przekraczające 200 km². Podobnie jak w innych miastach nadbałtyckich ulice wytyczono prostopadle do rzeki, a przecinająca je w poprzek ulica stanowiła rynek. Pod dokumentem z 15 lutego 1242 użyto po raz pierwszy pieczęci miejskiej z wizerunkiem kogi. W latach 1245–1248 rozpoczęto budowę murowanego zamkuMirosław Marcinkowski, Joanna Fonferek, Urszula Sieńkowska Badania na terenie dawnego zamku krzyżackiego w Elblągu, „Pruthenia” nr 8, 2013., który w 1251 roku został siedzibą mistrza krajowego – dzięki temu przez pierwsze 70 lat Elbląg był najważniejszym ośrodkiem życia miejskiego, jedynym portem morskim oraz podstawową bazą militarną organizującego się państwa krzyżackiego. W 1246 roku po raz pierwszy pojawiła się wzmianka o komturze elbląskim o imieniu Aleksander.