Leży u ujścia rzeki Elbląg do Zalewu Wiślanego.
Według regionalizacji fizycznogeograficznej Polski miasto położone jest na pograniczu Żuław Wiślanych i Wysoczyzny Elbląskiej, stanowiących część Pobrzeża Gdańskiego.
Pod względem historycznym Elbląg leży w historycznych Prusach, na ziemi malborskiej, w jej północno-wschodniej części obejmującej północną PogezanięJerzy Sikorski (red.), Stanisław Szostakowski (red.): Dzieje Warmii i Mazur w zarysie, tom 1: Od pradziejów do 1870 roku. Państwowe Wydawnictwo Naukowe, Warszawa 1981, s. 52. .. Etnograficznie stanowi także część Powiśla.
Nazwa Nazwa Elbląg pochodzi od rzeki Elbląg, zapisanej w 890 roku przez podróżnika Wulfstana jako Ilfing. Miasto przejęło nazwę (Elbing) od rzeki w 1237 roku.
Istnieje wersja (na przykład według ) o połączeniu nazwy Elbing z plemieniem Helwekonów (należeli do związku Lugiów)Zapis Helvecones w jego książce .. Nazwa polska Elbląg jest możliwa w dwóch częściach: Elb od Helwekonów i ląg od LugiówStanisław Rospond, Polszczyzna Śląska, 1970, s. 12..
Spis geograficzno-topograficzny miejscowości leżących w Prusach z 1835 roku, którego autorem jest J.E. Muller notuje nazwy miejscowości we fragmencie: „Elbing (Elbinga, poln.