W myśl królewskiego edyktu z 30 maja 1497 roku konwertyci mieli cieszyć się pełnią praw obywatelskich, a ich przywiązanie do wiary chrześcijańskiej nie mogło być podawane w wątpliwość. W praktyce proces asymilacji postępował jednak bardzo powoli. Większość „nowych chrześcijan” skrycie praktykowała judaizm. Z kolei nawet ci Żydzi, którzy całkowicie zerwali z wiarą i tradycjami przodków, byli traktowani nieufnie przez „starych chrześcijan”.
Przebieg pogromu thumb|Epistola de victoria contra infideles habita, 1507 W 1506 roku Lizbona wraz z resztą królestwa została dotknięta zarazą. Król Manuel wraz z rodziną i całym dworem przeniósł się wówczas do odległego o 120 kilometrów Abrantes. Stolicę opuścił także jej gubernator, który schronił się w odległym o 50 kilometrów miasteczku Torres Vedras. Powstała w ten sposób „próżnia władzy”, co miało znaczący wpływ na przebieg późniejszych wydarzeń. Przerażeni mieszkańcy Lizbony szukali tymczasem duchowej pociechy w kościołach.