4 września Maltańczycy utworzyli National Assembly (Zgromadzenie Narodowe), i jego pierwszym zadaniem było utworzenie siły zbrojnej, która blokowałaby pozostałe wojska francuskie. Formacja ta, znana pod nazwą Battaglioni del Congresso Nazionale albo Truppe di Campagna, zaczęła istnieć w ciągu najbliższych dni, i składała się z pewnej liczby wiejskich batalionów, które miały swoje korzenie w milicji Zakonu, powstałej jeszcze przed francuską okupacją. Notariusz Emmanuele Vitale, który prowadził atak na Mdinę, ustanowiony został Generale Commandante armii. Pierwsze bataliony powstały w Birkirkarze i Żebbuġ, i były dowodzone przez Vincenzo Borga and Francesco Caruanę. Vitale, Borg i Caruana zostali trzema głównymi przywódcami powstania.
Maltańczycy uznawali Ferdynanda, króla Neapolu i Sycylii jako swojego władcę, ale równocześnie apelowali do Horatio Nelsona o ochronę. W czasie oblężenia maltańscy powstańcy byli wspomagani przez Brytyjczyków, Neapolitańczyków i Portugalczyków. W roku 1799 car rosyjski Paweł I wysłał do powstańców swoich dyplomatów, przyrzekając swoją pomoc i ochronę.