Początkowo pocisk miał być wyposażony w układ naprowadzania bezwładnościowego z korekcją radiową. W trakcie testów w locie stwierdzono jednak, że całkowicie autonomiczny system zapewnia wystarczający poziom celności, z maksymalnym błędem 5000 metrów, oraz CEP 1900 metrów, w związku z czym zrezygnowano z komendowego resetowania układu bezwładnościowego.. System naprowadzania dostarczały zakłady OKB-692.
thumb|Załadunek pocisku R-36 do podziemnego silosu – widoczne dwa pierścienie silosu R-36 o długości 31,7 metra i średnicy 3 metrów zostały umieszczone w podziemnych silosach o głębokości 41,5 metra. Zewnętrzny pierścień silosu miał średnicę 8,3 metra, średnica zaś wewnętrznego pierścienia wynosiła 4,64 metra. W przeciwieństwie do silosów Szeksna-N pocisków R-16U, wewnętrzny pierścień nie mógł być obracany, toteż układ naprowadzania obracał pocisk na wyznaczony azymut po opuszczeniu przez rakietę silosu. Tankowanie pocisków odbywało się po ich umieszczeniu w silosach, zaś wewnętrzne hermetyczne komory w zbiornikach paliwa utrzymywały stabilne właściwości jego składników. W takim stanie pocisk mógł być utrzymywany w gotowości do odpalenia przez pięć lat, następnie jednak przedłużono ten okres do 7,5 roku.