3 stycznia 1986 INPO listownie przypomniał dyrektorowi zarządzającemu PECo o pogarszających się standardach pracy elektrowni. 11 kwietnia 1986 operacja planowego wyłączenia reaktora zakończyła się jego automatycznym wyłączeniem (SCRAM). Trzy dni później prezes INPO spotkał się z dyrektorem zarządzającym PECo. Dwa tygodnie później, 26 kwietnia, nastąpiło kolejne awaryjne wyłączenie reaktora – tym razem podczas testów na linii bardzo wysokiego napięcia (500 kV). 6 sierpnia 1986 elektrownia otrzymała od NRC niską ocenę okresowego przeglądu licencji (Systematic Assessment of Licensee Performance). W sierpniu i październiku doszło do serii spotkań i wymiany korespondencji między przedstawicielami NRC a PECo. Nie mogąc ustalić szczegółów automatycznego wyłączenia się reaktora z 17 marca 1987, i aby podnieść kwalifikacje personelu i przeszkolić nowy, z inicjatywy operatora do obsługi reaktorów zostali włączeni inżynierowie z firmy General Electric – producenta reaktorów. 24 marca jeden, lub kilku mentorów GE poinformował NRC, że operatorzy reaktorów notorycznie śpią, grają w gry i bawią się w trakcie zmian nocnych i weekendowych. 31 marca 1987 elektrownia została wyłączona na polecenie NRC. Było to pierwsze w historii USA wyłączenie elektrowni jądrowej z przyczyn nietechnicznych.