Brytyjczycy byli niepewni swojej polityki w stosunku do Malty, w obliczu rosnącego w siłę Napoleona nie mogli pozwolić sobie na problemy ze swoimi sojusznikami. Wybór w maju 1801 roku Charlesa Camerona na Cywilnego Komisarza, nie usunął tych wątpliwości, nawet jeśli jego obecność upewniła Maltańczyków o protekcji Imperium Brytyjskiego. Kiedy Traktat w Amiens oddał Maltę ponownie pod rządy Zakonu św. Jana, pewność ta została stracona.
Ball został baronetem 24 czerwca 1801 roku. Rząd brytyjski wysłał go z powrotem na Maltę jako Pełnomocnika Ministra Jego Królewskiej Mości d.s. Zakonu św. Jana, aby koordynował odjazd Brytyjczyków, zgodnie z postanowieniami traktatu z Amiens. Sytuacja jednak szybko uległa zmianie, ponieważ prawdopodobieństwo wybuchu wojny między napoleońską Francją a Wielką Brytanią wzrosło. Ball otrzymał teraz instrukcje, aby opóźnić opuszczenie wyspy przez brytyjskich żołnierzy.
Napoleon niepokoił się, stwierdził, że wolałby widzieć Brytyjczyków władających paryskimi przedmieściami, niż Maltą. W maju 1803 roku wojna powróciła, z powodu brytyjskiej odmowy ewakuacji wyspy.