Wewnątrz stropy płaskie. Chór muzyczny wsparty na dwóch słupach, o prostej linii parapetu z malunkami. W prezbiterium w barokowym ołtarzu głównym ikona Zdjęcia z Krzyża, a w ołtarzu bocznym w nawie z ikoną Przemienienia na Górze Tabor z końca XVIII w. Ikonostas zestawiono ze zróżnicowanych chronologicznie elementów: połowa XVII w.–1763. Duża ikona Ukrzyżowania, w jego zwieńczeniu z 1711 oraz dwie ikony Matki Bożej Hodegetrii z 1693 są dziełami Ioana Medyckiego.
Unikatem w wyposażeniu cerkwi w Matysovej jest zawieszony pod stropem centralnej części świątyni, na długim łańcuchu, symboliczny Tron Boży tzw. teleso datowane na rok 1633. Teleso zostało wykonane dla dawniejszej, nieistniejącej cerkwi. Wykonane z drewna, składa się z pary rozmieszczonych poziomo grup obręczy – po cztery obręcze spięte krzyżowo w każdej. Grupy obręczy połączone są pięcioma pionowymi, profilowanymi snycersko kolumnami, z wyższą środkową, zwieńczoną prostopadłościennym elementem zawieszenia. Według przekazów okoliczności jego powstania związane są z objawieniem.