Zrujnowane Opactwo stało się własnością rodziny MacLean. W okresie 1635–1688 Opactwo przeżyło krótkotrwałe odrodzenie, gdy zostało ponownie siedzibą biskupa Wysp, tym razem episkopalnego. Potem jednak stało się własnością hrabiów Argyll i aż do końca XIX wieku pozostawało w ruinie. Mimo to w zrujnowanym kościele miejscowi mieszkańcy odprawiali nadal nabożeństwa, ponieważ był to jedyny kościół na wyspie.
Odbudowa W 1899 r. książę Argyll przekazał fundacji Iona Cathedral Trust (należącej do Kościoła Szkocji) własność ruin Opactwa Iona, a fundacja podjęła prace rekonstrukcyjne. W 1938 r. Opactwo przejęła ekumeniczna „Wspólnota Iona”, która prowadzi dalszą rekonstrukcję budynków Opactwa, aż do dzisiaj.
Przekazy historyczne mówią, że w Opactwie Iona zostało pochowanych aż 48 wczesnych królów szkockich, a także królowie Irlandii, Norwegii i Francji. Jednak współcześni uczeni odnoszą się sceptycznie do tych twierdzeń, które są przypuszczalnie tylko legendą, mającą podnieść prestiż Opactwa. Tym niemniej, z pewnością pochowano tu różnych władców, zwanych Lords of the Isles i innych prominentnych członków klanów szkockich, w tym kilku wodzów klanu MacLeod.