Tym niemniej kalwinizm zapanował w większości kraju, a szkoccy katolicy w tym czasie zamieszkiwali tylko głównie w północnym i północno-zachodnim rejonie wybrzeża oraz na wyspach Hebrydach. W okresie prześladowań religijnych, katolicyzm zyskał szkockich męczenników, którzy zginęli za wiarę, np. Jan Ogilvie (1579-1615).
Normalizacja W XVIII w. klęska anty-angielskich powstań szkockich oraz akcja wysiedlania północnych szkockich wyżyn (Highlands), spowodowały znaczne wyludnienie tradycyjnie katolickich regionów Szkocji i emigrację katolików do krajów zamorskich, głównie do Ameryki Północnej. W latach 1717–1799 działało konspiracyjnie tylko jedno tajne seminarium duchowne, kształcące nielegalnie szkockich księży katolickich w odizolowanej wiosce Scanlan.
W 1793 r. Wielka Brytania przyjęła ustawę zezwalającą katolikom na praktykowanie kultu. Na początku pontyfikatu papieża Leona XIII w 1878 r. została przywrócona w Szkocji hierarchia i struktura Kościoła katolickiego. W XIX w., na skutek masowej irlandzkiej emigracji do Szkocji, Kościół rzymskokatolicki znacznie zwiększył liczbę swoich wyznawców. Oprócz tradycyjnych regionów katolickich, takich jak wyspy: Barra, Benbecula i South Uist oraz północna Szkocja, nowym ośrodkiem katolicyzmu stała się aglomeracja miejska Glasgow.