Flotylla rzeczna Narodowej Armii Wyzwolenia Jugosławii 11 września 1944 roku z inicjatywy dowództwa NOV i PO w Wojwodinie została sformowana kompania rzeczna, pierwszą jednostką, która weszła w jej skład była jednostka przy 11 brygadzie NOV i PO w Wojwodinie i składała się z około 70 do 80 żołnierzy. 20 listopada została stworzona baza flotylli w Nowym Sadzie, po dwóch miesiącach istnienia jednostka miała już na swoim koncie 43 uszkodzone oraz 5 zniszczonych łodzi nieprzyjaciela. Flotylla pomogła przetransportować przez Dunaj 220 000 żołnierzy, 2000 dział oraz około 3000 ciężarówek.
W marcu 1945 roku siłę jednostki stanowiło: 7 łodzi patrolowych, 9 motorówek i 7 lepiej opancerzonych łodzi bojowych.
Po rozpadzie Jugosławii Ostatnia akcja flotylli miała miejsce 8 listopada 1991 roku podczas trwania wojny w Chorwacji, kiedy serbski stawiacz min RML-308 został wysłany w rejon Kopačkiego Ritu. Napotkał tam szmuglujący broń holownik „Šariš”. Stawiacz min został zaatakowany przy użyciu rakiet przeciwpancernych. Serbski okręt został poważnie uszkodzony, a jego kapitan zginął podczas wymiany ognia.