Działalność terrorystyczna W 2013 Muhaxheri powrócił do Syrii i został dowódcą plutonu albańskiego, walczącego po stronie Islamskiego Państwa Iraku i Lewantu (ISIL). W październiku t.r. pojawił się na nagraniu video, na którym wzywał Albańczyków, aby przyłączyli się do ISIL i niszczył paszporty albańskie należące do bojowników ISIL. 29 lipca 2014 na zdjęciach umieszczonych na Facebooku Muhaxheri ścinał głowę żołnierza syryjskiego.
18 sierpnia 2014 kurdyjska stacja KNNC donosiła po raz pierwszy, że Muhaxheri zginął i opublikowała zdjęcia jego domniemanych zwłok. Profil Muhaxheriego zniknął w tym czasie z Facebooka, ale doniesień o jego śmierci nie potwierdzały inne źródła, informacji o śmierci zaprzeczał także Fitim Lladrovci - przyjaciel Muhaxheriego. 24 września 2014 amerykański Sekretariat Stanu umieścił Muhaxheriego na liście najbardziej poszukiwanych terrorystów na świecie.
Na nagraniu video opublikowanym 21 maja 2015 Lavdrim Muhaxheri zabił wziętego do niewoli jeńca przy użyciu ręcznego granatnika przeciwpancernego. Scenę morderstwa poprzedzało przesłuchanie jeńca, prowadzone przez Muhaxheriego. Ostatnie doniesienia o pobycie Muhaxheriego w Syrii pochodzą z 2015.