Po upadku Kandii w roku 1669, Nicolas Cotoner wzmocnił i polepszył fortyfikacje Malty, obawiając się ataku Turków osmańskich. Sfinansował budowę Cottonera Lines, które otrzymały nazwę na jego cześć. Fortyfikacje te mogły pomieścić, na wypadek ataku, do 40 000 ludzi. W czasie rządów Cotonera zbudowano również Fort Ricasoli oraz zmodyfikowano Floriana Lines.
Cotoner, strateg i dyplomata, znacznie podniósł prestiż Zakonu, głównie we Francji, Wenecji i Anglii. W roku 1674 ufundował na Malcie szkołę anatomii i medycyny, jako dodatek do Sacra Infermeria. W tym samym roku napisał (po włosku) konstytucję i statuty Zakonu. Kontynuował prace remontowe konkatedry św. Jana, rozpoczęte przez jego brata Rafaela. Wiele wspaniałych dekoracji katedry powstało w tym czasie, włączając w to dekoracje na suficie, namalowane przez kalabryjskiego artystę Mattia Preti’ego, jak też rzeźby i złocenia na ścianach.
thumb|left|150px|Pomnik nagrobny Nicolasa Cotonera Po pełnej sukcesów szesnastoletniej służbie Zakonowi, Nicolas Cotoner zmarł 29 kwietnia 1680 roku, ku wielkiej rozpaczy współbraci i mieszkańców Malty, których zjednał sobie mądrymi rządami. Pochowany został w Katedrze św.