W VIII wieku znajdujące się w stanie ruiny Septizonium zostało włączone w obręb średniowiecznej twierdzy, która w XII i XIII wieku znajdowała się w rękach rodu Frangipani. W sierpniu 1241 roku, po śmierci papieża Grzegorza IX, dziesięciu kardynałów, przedzierając się przez oblegające Wieczne Miasto wojska cesarza Fryderyka II Hohenstaufa, zdołało dotrzeć do Rzymu. Elektorzy zebrali się w rozpadającym się Septizonium. Papieska elekcja 1241 roku była uciążliwa dla jej uczestników nie tylko ze względów politycznych, lecz również klimatycznych. W Rzymie panował wtedy dokuczliwy upał, a w dni deszczowe przez dziurawy dach Septizonium na pomieszczenie, w którym przebywali kardynałowie, spływał deszcz zmieszany z moczem stacjonujących na dachu strażników, rozmieszczonych tam przez senatora Matteo Rosso Orsiniego. W trakcie konklawe zachorował i zmarł angielski kardynał Robert Somercote. Nowo wybrany papież, Celestyn IV, również był wyczerpany dwumiesięczną elekcją i zmarł po szesnastodniowym pontyfikacie.