Podgorzałki zielonogłowe są wędrowne. Gniazdują w dorzeczach Amuru i Ussuri w Rosji i w północno-wschodnich Chinach, zimują w południowo-wschodniej Azji. Zakładają gniazda w okolicach wód, zarówno w pobliżu jezior, mniejszych zbiorników wodnych, rzek, jak i rezerwuarów. Zimują na różnych obszarach podmokłych. Zniesienie liczy od 9 do 15 jaj. Inkubacja trwa 23–28 dni. Młode usamodzielniają się po 2–3 tygodniach. Podgorzałki zielonogłowe są klasyfikowane przez IUCN jako krytycznie zagrożone wyginięciem od 2012. Tamtego roku szacunkowo żyło nie więcej niż 1000 osobników. Według danych z 2013 był to najprawdopodobniej najszybciej ginący gatunek wśród azjatyckich kaczek. Do spadku liczebności przyczynia się głównie niszczenie środowiska życia oraz przetrzebianie ptaków przez nielegalny odłów, zarówno z użyciem broni palnej i trutek, jak i innych metod.