Z długiej podróży wracają najstarszy syn Cezara, Niebieskooki i porucznik Rocket, donosząc, że po drugiej stronie pustyni znaleźli miejsce idealne dla małp. Tuż przed wyprawą matecznik małp najeżdża grupa komandosów pod wodzą Pułkownika. Zabijają oni Niebieskookiego i żonę Cezara. Plemię szykuje się do podróży, zaś Cezar zostawia swego najmłodszego synka, Corneliusa, a sam wraz z kilkoma towarzyszami, m.in. Rocketem, gorylem Lucą i orangutanem Maurice’em odjeżdża, by służyć jako wabik. W opuszczonej wiosce znajdują niemą dziewczynkę, którą zabierają ze sobą. Po drodze grupa Cezara spotyka inteligentną małpą o imieniu Bad Ape, która wie, gdzie stacjonuje Alpha-Omega i prowadzi tam małpy. Obóz okazuje się silnie ufortyfikowanym obiektem w górach. Gdy małpy próbują przyjrzeć mu się bliżej, Luca zostaje zabity, a Cezar ujęty. W obozie Cezar dowiaduje się, że żołnierze schwytali i przyprowadzili tu całe jego plemię, zmuszając je w morderczych warunkach do budowy muru obronnego. Gdy Cezar nakłania małpy do zaprzestania pracy Pułkownik próbuje zmusić go głodem do zmiany decyzji.