W 1509 roku ogłosił krytyczne wydanie Księgi Psalmów (Quincuplex Psalterium), a w 1512 roku komentarz do listów św. Pawła. Utrzymywał kontakty z Erazmem z Rotterdamu, z którym jednak różnił się w poglądach co do sposobu rewizji niektórych ustępów łacińskiego tekstu Biblii. W 1517 i 1518 roku ogłosił dwa eseje na temat postaci Marii Magdaleny, gdzie poddał krytyce popularny pogląd utożsamiający ją z kobietą cudzołożną. Prace Lefèvre’a cieszyły się uznaniem w gronie humanistów i zwolenników reformy Kościoła, wywarły wpływ m.in. na młodego Marcina Lutra.

W 1521 roku został oskarżony przez teologów z Sorbony o herezję i zmuszony do opuszczenia Paryża. Osiadł w diecezji Meaux, gdzie zaangażował się w zainicjowany przez biskupa Guillaume’a Briçonneta ruch odnowy życia religijnego. Propagował znajomość Ewangelii wśród ludu, publikując popularne komentarze biblijne. W 1523 roku ogłosił tłumaczenie Nowego Testamentu z łaciny na język francuski (Traduction française du Nouveau Testament), a dwa lata później także tłumaczenie Księgi Psalmów. Pełny jego przekład Biblii z łaciny ukazał się w roku 1530 – był to pierwodruk Biblii w języku francuskim. Biblia ta została potępiona przez Kościół.