Od 1946 członek Biura Politycznego Komunistycznej Partii Albanii. Po zakończeniu wojny Kapo w stopniu pułkownika zasiadał w Sądzie Specjalnym, który skazał na śmierć osoby oskarżone o współpracę z okupantem. Następnie został mianowany ambasadorem Albanii w Jugosławii. Funkcję tę pełnił do 1947, kiedy powrócił do Tirany i objął stanowisko wiceministra spraw zagranicznych. W 1950 został wicepremierem, od 1951 pełniąc także funkcję ministra rolnictwa. W latach 1945–1969 był deputowanym do parlamentu, zasiadając w komisji ustawodawczej.
W latach 1955–1961 pełnił funkcję przewodniczącego Towarzystwa Przyjaźni Albańsko-Sowieckiej. Od lat 60. jeden z najbliższych współpracowników Envera Hodży. 25 maja 1960 aresztowano grupę oficerów Sigurimi z Wlory, na czele z Sulejmanem Maloku, których podejrzewano o przygotowywanie zamachu bombowego na Hysniego Kapo.
W 1979 jego stan zdrowia uległ gwałtownemu pogorszeniu. Ostatnie dwa miesiące życia spędził w szpitalu w Paryżu, gdzie zmarł na chorobę nowotworową trzustki. 26 września trumna ze zwłokami Kapo dotarła do Tirany, a dzień później odbył się jego pogrzeb.