Rodzinę Mycosphaerellaceae utworzył Gustav Lindau w 1897 r. Typem nomenklatorycznym jest rodzaj Mycosphaerella Johanson 1884. Według Index Fungorum bazującego na Dictionary of the Fungi do rodziny Mycosphaerellaceae należą liczne rodzaje. Niektóre, ważne w fitopatologii to: Acervuloseptoria Crous & Jol. Roux 2014 Caryophylloseptoria Verkley, Quaedvl. & Crous 2013 Cercospora Fresen. 1863 Cercosporella Sacc. 1880 Chuppomyces Videira & Crous 2017 Dothistroma Hulbary 1941 Fulvia Cif. 1954 Fusoidiella Videira & Crous 2016 Graminopassalora U. Braun, C. Nakash., Videira & Crous 2017 Mycosphaerella Johanson 1884 Mycovellosiella Rangel 1917 Neocercospora Bakhshi, Arzanlou, Babai-ahari & Crous 2015 Nothophaeocryptopus Videira, C. Nakash. & Crous 2017 Paracercosporidium Videira & Crous 2017 Passalora Fr. 1849 Pruniphilomyces Crous & Bulgakov 2020 Pseudocercospora Speg. 1911 Pseudocercosporella Deighton 197 Ramularia Unger 1833 Ragnhildiana Solheim 1931 Rosisphaerella Videira & Crous 2017 Septoria Sacc. 1884 Sphaerellothecium Zopf 1897 Stigmidium Trevis. 1860 Sphaerulina Sacc. 1878 Zasmidium Fr. 1849 Nazwy naukowe na podstawie Index Fungorum.
Przypisy