Początkowo obwód składał się tylko z komisariatów SG „Filipów” i „Hańcza”. Z dniem 20 lutego 1939 roku w skład obwodu weszły komisariaty SG „Janówka” i „Rajgród”. Z dniem 1 marca 1939 roku na terenie komisariatu SG „Raczki” utworzono placówkę I linii „Witówka”, a nazwę placówki I linii „Gębalówka” zmieniono na „Karolin”. Komisariat SG „Hańcza” przemianowano na Komisariat „Przerośl” oraz komisariat „Janówka” na komisariat „Raczki”.
W kwietniu 1939 roku rozpoczęto formowanie plutonów wzmocnienia w sile 1 oficer i 60 szeregowych. Plutony powstały w komisariatach „Przerośl”, „Raczki” i „Rajgród”. W tym też miesiącu Obwód SG „Suwałki” został podporządkowany dowódcy Suwalskiej Brygady Kawalerii gen. bryg. Zygmuntowi Podhorskiemu. Na krótko przed wybuchem wojny, na polecenie gen. Podhorskiego, komisariaty Straży Granicznej zostały dodatkowo wzmocnione oddziałami Przysposobienia Wojskowego. Jednocześnie rozpoczęto tworzenie grup dywersji pozafrontowej, przeznaczonych do działań sabotażowo-dywersyjnych i wywiadowczych na zapleczu wroga.