Ściany zdobi polichromia wykonana w latach 1890–1892 przez Jana Matejkę. Przy jej realizacji współpracowało z mistrzem wielu jego uczniów, później znanych i wybitnych malarzy, m.in.: Antoni Gramatyka, Edward Lepszy, Stanisław Bańkiewicz, Józef Mehoffer, Stanisław Wyspiański. Rysunki techniczne wykonał Tomasz Lisiewicz, a roboty pozłotnicze są dziełem Michała Stojakowskiego. Witraże w tej części kościoła są autorstwa Józefa Mehoffera, Stanisława Wyspiańskiego i Tadeusza Dmochowskiego.
Po obu stronach prezbiterium ustawiono nakryte baldachimami stalle. Wykonane zostały w 1586, a następnie w 1635 uzupełniono je zapleckami, które Fabian Möller ozdobił płaskorzeźbami ze scenami z życia Chrystusa i Marii. Na stallach prawych przedstawienia: Drzewa Jessego, Narodzin Marii, Ofiarowania Marii, Zaślubin ze św. Józefem, Zwiastowania, Nawiedzenia św. Elżbiety oraz Bożego Narodzenia. Na stallach północnych (lewych) znajdują się rzeźby: Obrzezanie, Hołd Trzech Króli, Ofiarowanie Jezusa w świątyni, Pożegnanie z Matką, Zmartwychwstały Chrystus ukazuje się Marii, Wniebowzięcie Matki Boskiej, Koronacja oraz Matka boska z dzieciątkiem w otoczeniu symboli z Litanii Loretańskiej. Na chórku organy 12-głosowe.