Nie jest znana dokładna liczba studentów w pierwszym roku istnienia akademii – w literaturze można spotkać wzmianki o tym, że w 1800 roku na uczelni było 10 studentów płacących czesne i niektórzy niepłacący. W latach 1801–1804 w odbywających się w miesiącach letnich zajęciach, brało udział średnio od 50 do 60 słuchaczy, z kolei w miesiącach zimowych dwa razy tyle. Wśród pierwszych studentów Berliner Bauakademie był późniejszy słynny architekt Karl Friedrich Schinkel. Do innych najbardziej znanych studentów uczelni można zaliczyć także Reinholda Begasa, Ludwiga Hoffmanna i Gustava Lilienthala.
Po 1810 roku Akademia Budownictwa została powiązana z Akademią Sztuki swoistą unią personalną. Dyrektorami dwóch uczelni jednocześnie byli wtedy malarz Johann Christoph Frisch (w latach 1809–1815) i rzeźbiarz Johann Gottfried Schadow (w latach 1816–1824). W 1823 roku nastąpiło rozdzielenie obydwu akademii, natomiast niedługo później zaczęto odnotowywać spadek liczby studentów Berliner Bauakademie – liczba słuchaczy z 99 w latach 1831–1832, skurczyła się do 43 w latach 1844–1845. W tamtym okresie funkcję dyrektora uczelni sprawował Christian Peter Wilhelm Beuth. Jego sposób zarządzania instytucją, oparty na 23-letnim doświadczenie na stanowisku dyrektora Akademii Handlowej, szybko spotkał się z dużą krytyką.