W 2007 rozpoczęto prace nad odkryciem i konserwacją fresków wykonanych w świątyni bezpośrednio po jej budowie.
Architektura Fundator cerkwi zbudował ją według modelu przewidywanego zwyczajowo dla soborów. Świątynia posadowiona jest na wysokim podklecie i była pierwotnie zwieńczona pięcioma kopułami – w latach 30. XIX w. pozostawiono z nich tylko jedną, centralną. W cerkwi znajdowały się trzy ołtarze – św. Mikołaja, Zwiastowania oraz św. Michała Maleina, świętego patrona cara Michała Romanowa. Ołtarz poświęcony tej mało znanej na Rusi postaci miał być wyrazem szacunku wobec cara, twórcy nowej dynastii. Z kolei ołtarz Zwiastowania miał wyobrażać modlitwę dziękczynną do Matki Bożej za pokonanie polskich wojsk interwencyjnych. Do nawy znajdującej się przed tym ołtarzem i związanego z nią prezbiterium prowadziło odrębne wejście, gdyż fundator traktował tę część cerkwi jako autonomiczną prywatną kaplicę, odrębną przestrzeń sakralnąE. Dobrowolska, B. Gniedowski, Jarosławl, Tutajew, Iskusstwo, Moskwa 1971, s. 52.. W 1695 dostawiono jeszcze ołtarz św. Aleksandra Świrskiego.