Od tego czasu monarcha został w otoczony legendą tego, który okradł Kolegium, choć w istocie jedynie wypełnił, z korzyścią dla siebie, ale bardzo ściśle, zapisy testamentu.
Rektor z lat 1518–1537, Nicholas Metcalfe, zasłużył się w historii Kolegium podniesieniem na bardzo wysoki poziom nauczania, zwłaszcza klasycznej greki. Sukces ten, wynikający z właściwego doboru kadry, a nie z zamożności , nie uchronił jednak Metcalfe’a przed odwołaniem z funkcji, czego przyczyną było jego wytrwanie przy katolicyzmie. Przez całe następne stulecie Kolegium było polem sporów religijnych i politycznych, za które płacili stanowiskami kolejni rektorzy i w które często włączały się władze. Andrew Perne, rektor kolegium Peterhouse z drugiej połowy XVI wieku, określił ówczesnych członków , jako „przebiegłych praktyków w sztuce pozbywania się niepopularnego szefa”. W tym okresie było, obok , jednym z dwóch kolegiów najbardziej zaangażowanych w krzewienie purytanizmu. Religijny i polityczny ekstremizm członków kolegium pociągał za sobą ostre reakcje zmieniających się władz: restaurująca katolicyzm Maria I wydaliła z Kolegium kilkunastu jego protestanckich członków, którzy powrócili wraz z objęciem panowania przez zwalczającą katolicyzm Elżbietę I.