Kapituła jednak zdecydowanie odrzuciła taką propozycję wykorzystując argument, że założycielowi seminarium gnieźnieńskiego chodziło nie tyle o gruntowne wykształcenie naukowe, ile o praktyczne przygotowanie do kapłaństwa przez służbę w katedrze. Odtąd arcybiskup nie powrócił już do tej sprawy, ale też nie przejawiał odtąd żadnego zainteresowania seminarium.
1670-1718 – Od 1670 r. Seminarium wróciło do normalnego stanu. Niweczone były zniszczenia wojenne. Dostrzeżono nieznaczny wzrost powołań (w seminarium znajdowało się od 7-9 kleryków). Przez 20 lat brakowało pieniędzy na remont gmachu seminaryjnego. Chociaż po czasie sytuacja polepszyła się i podejmowane były próby napraw, to jednak brak konserwacji prowadził do coraz gorszego stan budynku. Dopiero w 1698 zaczęto kierować prośby o pomoc finansową do ówczesnego arcybiskupa Radziejowskiego. Niestety w tym czasie żaden poważny remont nie był przeprowadzony i zabudowania w 1700 roku uległy zupełnej ruinie. W czasie wojny północnej, z powodu prawie całkowitego zniszczenia, majątki nie dostarczały żadnych dochodów. Brak pieniędzy uniemożliwił ratowanie domu seminaryjnego jak również i utrzymanie normalnej liczby kleryków. Kapituła zredukowała ich liczbę do dwóch, a następnie do trzech, od 1713 r. – czterech alumnów.