Skład załogi zwiększył się do 5 osób wraz z przybyciem na stację Sojuza MS-04, na pokładzie którego znajdowali się: Fiodor Jurczichin i Jack Fischer. Dla Rosjanina Jurczichina jest to piąty lot kosmiczny, gdyż wcześniej uczestniczył on w misjach: STS-112 promu kosmicznego Atlantis, Sojuz TMA-10, TMA-19 i TMA-09M oraz ekspedycjach: 15. (jako dowódca), 24., 25., 36. i 37. (jako dowódca). Z kolei Amerykanin Jack Fischer odbywa swój pierwszy lot kosmiczny.
Jurczichin i Fischer zostali początkowo mianowani do załogi misji Sojuz MS-05, jednak 13 września 2016 roku Roskosmos podjął decyzję o reorganizacji lotów załogowych na ISS. Począwszy od misji Sojuz MS-04 składy części załóg statków Sojuz zostały zmniejszone do dwóch astronautów w celu usprawnienia funkcjonowania rosyjskiej części stacji. Zmiana ma obowiązywać do uruchomienia modułu Nauka, co ma nastąpić pod koniec 2017 roku. Do tego czasu zmniejszona zostanie także liczba lotów statku transportowego Progress z 4 do 3 w ciągu roku. Takie ograniczenie w lotach zaopatrzeniowych na ISS zmniejszyło z kolei zdolność do utrzymania na stacji kosmicznej 6-osobowej załogi.