W marcu 2004 roku popadł w konflikt z administracją prezydenta, gdy w związku z hospitalizacją prokuratora generalnego Johna Ashcrofta tymczasowo go zastępował. Dzień po nieplanowanej hospitalizacji Ashcrofta wygasała jego tymczasowa zgoda na nieograniczoną inwigilację osób podejrzewanych o terroryzm. Comey stanowczo odmówił administracji prezydenta przedłużenia zgody na inwigilację, uważając że narusza ona wolności obywatelskie. Po bezowocnych naciskach prezydenccy urzędnicy udali się do niedysponowanego prokuratora generalnego w nadziei, że udzieli on zgody na inwigilację. Aby temu zapobiec, Comey w pośpiechu udał się do szpitala i pilnował, by półprzytomnego przełożonego nie nakłoniono do podpisania stosownych dokumentów. Następnego dnia prezydent Bush osobiście obiecał Comeyowi ponowne opracowanie procedur w sposób zgodny z prawem.