W międzyczasie kościół wzbogacał się o prywatne kaplice, należące do różnych stowarzyszeń i gildii. Z XV wieku pochodzi również portal w prawej ścianie, flankowany posągami i ozdobiony freskiem Domenica Pioli.
Kościół barokowy W latach 1590–1596 przeprowadzono w kościele prace budowlane pod nadzorem Gaspare Della Corte; ponieważ objęły one tylko apsydę, pierwotna struktura romańska pozostała nienaruszona. Większej przebudowy kościoła, już w duchu barokowym, dokonano po 1640 roku pod nadzorem Daniele Caselli. Ten pochodzący z Ticino architekt i rzeźbiarz, przebudował nawy podnosząc boczne i obniżając środkową poprzez zbudowanie sklepienia kolebkowego pod pierwotną więźbą dachową; wprowadził poza tym system podwójnych kolumn, podobnie jak w bazylice San Siro, a także zbudował ośmioboczną kopułę, która zastąpiła tyburiumElement architektoniczny charakterystyczny dla średniowiecznej architektury lombardzkiej, rodzaj wewnętrznej kopuły zbudowanej z cegieł ułożonych poligonalnie i pokrytych z zewnątrz zadaszeniem w formie piramidy (według hasła tiburio w Treccani)..
Koronacja obrazu W 1616 został koronowany nowy wizerunek Nostra Signora delle Vigne, a wkrótce po tym wydarzeniu doża Bernardo Clavarezza ogłosił Matkę Bożą Królową Genui.