Ponadto dawano schronienie w pałacu Żydom przez cały okres II wojny światowej.

Po przekroczeniu przez Armię Czerwoną Wisły front idący na Berlin prowadził przez Małą Wieś. Rodzina Morawskich zdołała ocalić pałac przed splądrowaniem, nie udało się natomiast ocalić największego zabytku pobliskiego rezerwatu Modrzewina – posadzonego jeszcze przez Bazylego Walickiego słynnego Modrzewia Wojewody, który został przypadkowo spalony przez żołnierzy radzieckich polujących na zające. Wkrótce po tym rodzina Morawskich podzieliła los wielu innych arystokratycznych rodzin, których majątek znacjonalizowano.

Po wojnie Reforma rolna zakończyła się nacjonalizacją majątku rodziny Morawskich, których eksmitowano z pałacu i zakazano przebywania w pobliżu 30 kilometrów od obiektu. W ramach nacjonalizacji, oprócz nieruchomości, zostały przejęte składniki ruchome majątku, takie jak wyposażenie wnętrz, obrazy czy cenny księgozbiór Biblioteki Małowiejskiej, który uległ całkowitej dewastacji. Ponadto zbiór dokumentów rodzinnych został przekazany do Archiwum Głównego Akt Dawnych i stanowił podstawę odtwarzanego zasobu. Początkowo w pałacu mieściła się szkoła podstawowa, co mogło doprowadzić do dewastacji zabytkowych wnętrz pałacu.