Emil Abderhalden (ur. 9 marca 1877 w Oberuzwil, zm. 5 sierpnia 1950 w Zurychu) – szwajcarski biochemik i fizjolog, przewodniczący Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina; twórca teorii o enzymach obronnych, zarzuconej w latach 30. Nie wyjaśniono, czy błędne wyniki Abderhaldena wynikały z braku naukowego rygoru, czy były przykładem naukowego oszustwa.
Życiorys Syn nauczyciela Nikolausa Abderhaldena (1842–1923) i jego żony Anny Barbary z domu Stamm. Studiował medycynę na Uniwersytecie w Bazylei. Od 1902 roku współpracował z Emilem Fischerem. W 1904 habilitował się na Uniwersytecie Berlińskim jako privatdozent z fizjologii, a w 1908 został profesorem i dyrektorem instytutu fizjologii w wyższej szkole weterynaryjnej w Berlinie – Berliner Tierärztliche Hochschule. W latach 1911–1945 wykładał chemię fizjologiczną w Uniwersytecie w Halle. W 1915 założył szpital dziecięcy i wspierał ewakuację niedożywionych dzieci niemieckich do Szwajcarii. Za swoje zasługi został odznaczony Krzyżem Żelaznym II klasy. Od 1946 profesor Uniwersytetu w ZurychuEmil Abderhalden w Whonamedit (j. ang.).